総務課では会計経理や契約書類の作成等の事務のほか、福利厚生をはじめとした職員が安心して働くことができる職場環境づくりや、理事会・総会の開催など連合会の組織運営に係る業務を行っています。

企画指導課・土地改良区支援室では農業用施設の診断や維持管理に関する指導、土地改良区の運営に関する相談、各種研修会の開催などの会員支援を行っています。他に広報活動や地理情報システムの運用保守も行っています。

地域支援室では山形の豊かな農業・農村のもつ多面的機能を次世代へ引き継げるよう、多面的機能支払の協議会運営・管理、活動組織への支援を行っています。

農村計画課ではかんがい排水事業による農業用水の安定供給と用水管理の円滑化、ほ場整備事業による農地の規模拡大など農業生産基盤の整備・機能向上やスマート農業の実装に向けた事業計画に係る調査、資料の作成などを行っています。

農地調整課では基盤整備事業（農地の区画整理・大型化等）を行うにあたって、農地の所有者、耕作者の権利調整を行う換地業務と、事業地区内の農地等の状況を正確に把握するための測量業務を行っています。

農村整備課では土地改良区が管理する農業用水利施設の診断、調査、設計による施設の長寿化、自然災害への対策、水質・生態系調査など、持続可能な循環型社会の形成に向けた農村環境の整備を支援しています。また、ため池サポートセンターによる県内農業用ため池の保全管理を支援しています。